Mlýn vznikl pravděpodobně při založení města toho roku 1501, kdy při zdejším hradě bylo vysazeno Nové Město. První faktický záznam o mlýně jest v listě Jana z Pernštejna z roku 1540. Byl vystavěn a určen k mletí sladu kdy při něm byla i valcha. V roce 1578 se mlýn opravil a zároveň se zlepšil stav valchy. Mlýn prosperoval a fungoval po dlouhá staletí. Na panství liechtensteinském bylo více mlynářů jménem Ptáček. Z nich Josef Ptáček koupil 31.října roku 1751 v Kostelci na Hané od vrchnosti mlýn čp.48. Jeho syn Ignác (1744-1806) převzal mlýn roku 1772. Dědictví se ujal jeho syn Florián, který však roku 1840 zakoupil mlýn v Kobeřicích na Opavsku a mlýn v Kostelci na Hané dal do správy svému synovi Vilémovi, který zde hospodařil do roku 1862. Jeho bratr Theodor narozený roku 1823 se ujímá správy tohoto mlýna. Toho roku 1869 se podruhé oženil, a sice s Magdalenou, dcerou Aloise Krevety, mlynáře v Dědicích u Vyškova.
Došlo tak ke spojení dvou významných mlynářských rodů. Sestra Theodora se provdala za vlastníka mlýna v Novém Městě nad Metují a mlýn postoupila příbuznému mlynáři Theodoru Ptáčkovi. Mlýn se nerozhodl převzít hned, vyšetřil si nejdříve situaci mlýna v Čechách a uvážil jeho možnosti. Mlýn v Novém Městě nad Metují po dlouholetých nájemcích byl dosti zchátralý a on zkušený mlynář se nechtěl ukvapiti. Teprve potom mlýn v Kostelci na Hané pronajal manželům Vydrovým a sám definitivně převzal mlýn v Novém Městě nad Metují zvaný Nový, a to dnem 1.února 1875.
Theodor Ptáček mlýn znovu strojově vybudoval nákladem 12.000 zlatých. Jeho syn Vilém, když se vyučil v otcovském mlýně, praktikoval na mnoha mlýnech na Moravě. Když se vrátil, stárkoval na otcovským mlýně v Novém Městě nad Metují. Byl rovněž veřejně činným, a to zejména v samosprávě. Byl zakladatelem Městské spořitelny, jejíhož povolení se dočkal těsně před svým skonem. Ač jeho syn byl již spolumajitelem Nového, nyní již Ptáčkova mlýna, vedla jeho matka živnost a převzal celý mlýn. Pak ho vybudoval opravdu nově po technické i hospodářské stránce. Vystavěl i jez, zřídil budovy obytné a hospodářské, které do té doby byly nedostatečné, dřevěné a zčásti sešlé. Když své dílo dokončil, umístil na hlavní mlýnské budově nápis:
„Ptáčkův Nový mlýn".
Tím bylo zachováno i staré historické pojmenování mlýna.
Mlynář Vilém Ptáček, tak jako jeho otec Theodor, byl v Novém Městě nad Metují všestranně veřejně činný. Pracoval jako člen obecního zastupitelstva, byl starostou Zemské mlynářské jednoty. Jeho syn Vilém, jr., mlynařil však jen 6 let. Mlýn byl totiž komunistickým režimem zabaven a zrušen. V restituci po roce 1989 byl však majiteli navrácen. Budova Nového či Ptáčkova mlýna byla v 90letech prodána a otáčí se tam jen turbína, která dodává do sítě elektrický proud. Syn Bohdan Ptáček rekonstruoval hospodářskou budovu bývalého mlýna v jednopatrové úhledné rodinné stavení. Hned po pádu režimu se stal členem městské rady a zastupitelstva, podařilo se mu obnovit někdejší Spolek Podskaláků a ve funkci předsedy pečuje o své Podskalí.
Nový či Ptáčkův mlýn se nachází při řece Metuji v části města, která se nazývá Horské předměstí.
GPS: 50° 20' 31.4'', 16° 9' 23.4''